Film dari seri Book of Friends karya Natsume. Natsume sedang sibuk, menjelajahi antara manusia dan yokai ketika ia secara tidak sengaja bertemu kembali dengan teman sekelas lamanya, Yuki. Hal itu membawa kembali kenangan menyakitkan tentang yokai tertentu. Sementara itu, Natsume juga berkenalan dengan Yorie Tsumura, seorang wanita dalam ingatan seorang yokai yang namanya telah ia kembalikan. Yorie tahu banyak tentang Reiko, tetapi sekarang menjalani kehidupan yang damai dengan putra satu-satunya, Mukuo. Berada bersama keluarga ini menenangkan Natsume, tetapi ternyata ada yokai misterius yang mengintai di kota mereka. Dalam perjalanan kembali dari penyelidikan, “benih yokai” yang telah menempel pada Sensei Nyanko jatuh ke taman Fujiwara dan tumbuh dalam semalam menjadi pohon buah. Ketika Sensei Nyanko memakan buah yang entah bagaimana berbentuk seperti dirinya, ia tiba-tiba terbelah menjadi tiga!