Musim 1 melanjutkan cerita dari miniseri sebelumnya. Setelah terlibat dalam pertempuran yang kalah melawan para Cylon, sisa-sisa terakhir umat manusia terpaksa melarikan diri di bawah perlindungan satu-satunya kapal perang mereka yang tersisa, Battlestar Galactica yang sudah ketinggalan zaman. Dikejar oleh para Cylon, yang beberapa di antaranya kini telah berubah wujud menjadi manusia, Komandan Adama dan Presiden Roslin memimpin sisa-sisa terakhir umat manusia ini untuk mencari rumah baru, sebuah planet bernama Bumi.