Burger Beard adalah seorang bajak laut yang sedang mencari halaman terakhir dari sebuah buku ajaib yang dapat mewujudkan rencana jahat yang ia tulis di dalamnya, yaitu formula rahasia Krabby Patty. Ketika seluruh kota Bikini Bottom berada dalam bahaya, Spongebob, Patrick, Tuan Krab, Squidward, Sandy, dan Plankton harus melakukan perjalanan yang membawa mereka ke permukaan. Untuk mendapatkan kembali resep tersebut dan menyelamatkan kota mereka, geng tersebut harus mengambil buku tersebut dan mengubah diri mereka menjadi pahlawan super.