Alur cerita Children of the Corn: Runaway mengikuti kisah Ruth muda yang sedang hamil dan berhasil lolos dari sekte pembunuh anak di sebuah kota kecil di Midwest. Ia menghabiskan dekade berikutnya dengan hidup tanpa identitas demi menyelamatkan putranya dari kejadian mengerikan yang dialaminya semasa kecil. Ia tiba di kota kecil Oklahoma, tetapi ada sesuatu yang mengikutinya. Kini, ia harus menghadapi kejahatan ini atau kehilangan anaknya.